Una piattaforma array CGH custom per l'identificazione di CNV in pazienti affetti da Sindromi Neurocutanee ed altri disordini neurologici: validazione della regione d'interesse per la Neurofibromatosi di tipo 1

La Neurofibromatosi di tipo I (NF1) rappresenta la forma più comune di sindrome neurocutanea. Si tratta di un disordine autosomico dominante, causato da mutazioni in eterozigosi a carico dell'oncosoppressore NF1 sul cromosoma 17q11.2,costituito da 57 esoni costitutivi e 3 che vanno incontro a splicing alternativo. Tra le mutazioni patogenetiche riscontrate vi sono delezioni parziali o dell'intero gene. NF1, pur essendo un disordine mendeliano a penetranza completa, si caratterizza per un'alta variabilità fenotipica; infatti sono stati descritti fenotipi clinici più severi in pazienti con delezioni che coinvolgono interamente il gene NF1 e quelli fiancheggianti, rispetto a pazienti con mutazioni intrageniche. In questo lavoro, presentiamo lo sviluppo di un array custom, esone-centrico e ad alta risoluzione, per ibridazione genomica comparativa (aCGH). NeuroArray 1.0. è stato progettato per l'identificazione di varianti del numero di copie (CNV) in 1.632 geni di interesse in differenti disordini neurologici, tra i quali alcune sindromi neurocutanee come le Neurofibromatosi di tipo 1 e 2, e le Sclerosi tuberose di tipo 1 e 2. Tale array è stato sviluppato su piattaforma Agilent Technologies 8x60K. In particolare, descriviamo la validazione della regione del cromosoma 17 che circonda e include NF1, coprendo un intervallo di ~2.7 Mb con una distanza mediana tra le sonde di 173.3 bp. Tale regione è stata validata utilizzando 5 campioni di DNA di pazienti con diagnosi clinica di NF1, risultati negativi ad uno screening mutazionale del gene. Con il NeuroArray 1.0 sono state identificate due delezioni, una intragenica ed una atipica che si estende a valle del gene. Tali delezioni erano state precedentemente identificate mediante MLPA in due dei cinque pazienti esaminati. Paragonando il NeuroArray 1.0 con altre piattaforme aCGH custom per NF1, abbiamo ottenuto una singola piattaforma in grado di analizzare a) un vasto numero di geni correlati a disordini neurologici, b) il gene NF1 ed i geni fiacheggianti con risoluzione esonica, c) 8 campioni per volta. La piattaforma NeuroArray 1.0 può essere dunque utilizzata sia per la ricerca di mutazioni strutturali sbilanciate in pazienti affetti da NF1 che come test di conferma di dati ottenuti mediante NGS.