Who is out there? What are they doing? Application of metagenomics and metaproteomics to reveal soil functioning

L'obiettivo di questo lavoro è stato quello di applicare lo strumento della metaproteomica a suoli di tartufaia già approfonditamente caratterizzati tramite approcci di metagenomica. Per fare questo è stato impiegato un database creato ad hoc a partire dagli organismi fungini, batterici e dalle piante identificati negli studi di metagenomica. Attraverso l'identificazione delle proteine estratte dal suolo della tartufaia si è cercato di chiarire quali processi metabolici fossero ivi attivi e quali fossero specificatamente presenti nel pianello di Tuber melanosporum, cioè in un'area caratterizzata da scarsa vegetazione attorno alla sua pianta ospite. Gli studi di metagenomica avevano messo in evidenza una minore biodiversità dei funghi nel pianello e che T. melanosporum era il fungo dominante, mentre i funghi ectomicorrizici appartenenti al phylum dei Basidiomycota diminuivano, suggerendo competizione con il tartufo. All'interno del pianello risultavano anche scarsamente presenti batteri appartenenti sia al genere Pseudomonas che alla famiglia delle Flavobacteriaceae. Con l'applicazione della metaproteomica è stato possibile individuare quali processi biologici fossero maggiormente presenti nel pianello, o esclusivi. I processi legati a multipli tipi di stress erano principalmente rappresentati, e presenti soprattutto nelle piante erbacee. Questo studio ha permesso quindi di svelare il funzionamento di un ambiente così particolare come il pianello, dove il tartufo nero è il protagonista.