RILEVAZIONE E IDENTIFICAZIONE DEI VIRUS PRESENTI NELLE VARIETÀ LOCALI DI CEREALI

I virus rappresentano da sempre una delle principali minacce per la produzione dei cereali. Allo scopo di assicurare un'accurata diagnosi dei virus presenti nelle varietà locali di Triticum aestivum L., Hordeum vulgare L., T. durum Desf., Secale cereale L., Avena sativa L., reperite nell'ambito del progetto SaVeGralNPuglia, tali varietà sono state caratterizzate con marcatori molecolari associati a fitopatie ad eziologia virale. Per evitare i falsi negativi, sono stati considerati più marcatori per ciascun virus e regioni diverse del genoma virale. I saggi molecolari hanno previsto la retro­trascrizione dell'RNA estratto, seguita dall'amplificazione mediata dalla polimerasi (RT-PCR). L'incidenza di campioni positivi è risultata pari al 23 % per il virus del mosaico giallo dell'orzo (BaYMV), al 49 % per il virus del mosaico comune del frumento (SBCMV), al 95 % per l'agente del mosaico dell'avena (OMV) , al 55 % per il virus del mosaico striato del frumento (WSMV), e all'84 % per il virus della striatura fusiforme del frumento (WSSMV). I saggi per il virus del mosaico moderato dell'orzo (BaMMV) e quello del nanismo giallo dell'orzo (BYDV) hanno dato esito negativo. Nel caso dell'OMV si è fatto ricorso all'ibridazione molecolare a macchia o "dot-blot" di frammenti amplificati. I risultati ottenuti hanno inoltre consentito di accertare in alcuni campioni I presenza d'infezione multipla da fitovirus in quanto erano presenti contemporaneamente 2, 3 o 4 virus diversi, presenti rispettivamente con percentuali del 23, 8, e 5. Per una diagnosi approfondita di tutta la complessità del "viroma" del campione in esame sono state infine selezionate varietà locali di Triticum durum L., T. aestivum L., e H. vulgare L. più rappresentative, da sottoporre ad analisi di metagenomica con tecnologie NGS.