Analisi di sequenze ripetute in germoplasma di carciofo

I microsatelliti, noti anche come SSR (simple sequence repeats), consistono di unità da due a otto nucleotidi ripetuti a tandem la cui lunghezza è soggetta a variazione in seguito a crossing/over ineguale durante la replicazione del DNA. Diverse proprietà rendono i microsatelliti marcatori estremamente utili per un ampio raggio di applicazioni, dalla mappatura genetica all'analisi dei genomi, all'identificazione varietale. I microsatelliti, infatti, sono altamente variabili tra i taxa, sono ubiquitari e sono presenti in numero elevato in tutti i genomi eucarioti analizzati finora, sono distribuiti in maniera abbastanza regolare nel genoma, infine, la maggior parte dei microsatelliti probabilmente è non-funzionale e perciò selettivamente neutra. Per valutare le potenzialità di questi marcatori in carciofo, è stato avviato uno studio di ibridazione molecolare utilizzando sequenze microsatelliti. In una prima fase, è stata condotta un'analisi sul DNA genomico di un'unica varietà digerito con diversi enzimi di restrizione e ibridato con sonde contenti sequenze ripetute [(GATA)4, (GACA)4, ecc.]. Successivamente, alcuni degli oligonucleotidi utilizzati, in particolare quelli che hanno mostrato un profilo di ibridazione interpretabile, sono stati ibridati con il DNA di accessioni di carciofo selvatico e coltivato digerito con un unico enzima di restrizione. La sonda (GATA)4 ha evidenziato un notevole grado di polimorfismo soprattutto tra carciofo coltivato e selvatico. Tra le accessioni coltivate sono visibili alcuni frammenti di ibridazione comuni e altri polimorfici; questi ultimi potranno essere presi in esame in uno studio successivo riguardante l'isolamento di sequenze microsatelliti da utilizzare come marcatori molecolari specifici in Cynara