Rhizosphere 16S-ITS metabarcoding profiles in banana crops are affected by nematodes, cultivation, and local climatic variations

È stato condotto uno studio di metabarcoding sul microbiota associato a gruppi funzionali di nematodi presenti in coltivazioni di banano a Tenerife (Isole Canarie, Spagna). I campioni sono stati prelevati da terreno rizosferico di cv Pequeña Enana o Gruesa e da aree adiacenti di controllo, con le stesse condizioni agroecologiche ma prive di radici di banano. Le regioni variabili V3 e V4 dell'rRNA 16S del gene ribosomiale sono state amplificate per caratterizzare le comunità batteriche, mentre la regione dell' ITS è stata utilizzata per i funghi. Le sequenze sono state ottenute con un MiSeqTM Illumina con una lunghezza di 300 bp. Per ogni campione sono stati estratti i nematodi parassiti delle piante ed altri gruppi presentinel terreno, che sono stati contati ed identificati. I nematodi fitoparassiti sono stati rinvenuti principalmente in rizosfera di banano. Tra questi Pratylenchus goodeyi, presente nelle aziende del nord dell'isola ed Helicotylenchus spp., con H. multicinctus, presenti in aziende sia settentrionali che meridionali. I dati di metabarcoding hanno mostrato un effetto diretto della coltra e della latitudine sulla flora microbica, distinguendo i controlli, sia settentrionali e meridionali, dai campioni provenienti della rizosfera di banano. Diversi taxa fungini noti come agenti di biocontrollo di nematodi sono stati identificati, insieme ad endofiti, specie micorriziche ed endoparassiti obbligati quali i Rozellomycota, presenti quasi unicamente nei campioni di banano. Il phyla batterici dominanti sono risultati Proteobacteria, Actinobacteria, Planctomycetes, Bacteroidetes, Chloroflexi ed Acidobacteria. I dati ITS hanno mostrato diverse unità tassonomiche appartenenti a Sordariomycetes, compresi agenti di biocontrollo come Beauveria spp., Arthrobotrys spp., Pochonia chlamydosporia e Metarhizium anisopliae. Altre specie presenti sono risultate Trichoderma harzianum, T. longibrachiatum, T. virens e Fusarium spp., insieme a micoparassiti come Acrostalagmus luteoalbus. Tuttavia, solo una Dactylella spp. ha mostrato una correlazione con i nematodi predatori. Sono state trovate differenze tra gruppi di nematodi fitoparassiti, di vita libera e predatori, correlati con sottoinsiemi specifici di batteri e funghi diversi. Il metodo di coltivazione e la struttura del terreno hanno mostrato differenze nelle rappresentazioni dei taxa anche in relazione ad altre variabili dell'azienda agricola e del terreno. I dati hanno mostrato cambiamenti specifici nella rizosfera e nel microbiota del terreno legati alla specializzazione trofica e all'adattamento a carico di decompositori, endofiti benefici, micorrize, agenti di biocontrollo e patogeni delle piante.